재개발·재건축 신축주택의 장기보유특별공제
관리처분계획인가 전부터 재개발·재건축 구역의 주택을 소유한 조합원이 청산금(추가분담금)을 납부하고 받은 신축아파트를 완공 후 양도하는 경우, 장기보유특별공제는 양도차익을 기존건물분과 청산금납부분으로 나누어 서로 다른 기산일로 보유기간을 계산하고(「소득세법 시행령」 제166조 제2항, 제5항), 1세대1주택 공제율의 거주요건도 둘을 나누어 판단합니다(대법원 2026. 01. 08. 선고 2025두34147 판결).
핵심 정리
① 관리처분계획인가일(인가 고시일) 전에 기존주택을 취득한 조합원의 신축주택은 기존주택의 취득일을 기준으로 보유기간을 계산합니다. 2003. 07. 01.부터 2005. 05. 30.까지 사업시행인가를 받은 재건축사업의 주택을 사업시행인가 후, 관리처분계획인가 전에 취득한 경우에는 처분청과 서울고등법원은 신축주택의 사용승인일부터, 조세심판원은 기존주택의 취득일부터 보유기간을 기산하였고, 그 서울고등법원 판결은 대법원 상고심이 진행 중이었습니다.
② 원조합원이 청산금을 납부한 신축주택은 양도차익을 기존건물분과 청산금납부분으로 나누어, 기존건물분은 기존주택의 취득일부터, 청산금납부분은 관리처분계획인가일부터 양도일까지를 보유기간으로 합니다.
③ 1세대1주택 공제율(표 2)의 2년 거주요건은 기존건물분은 기존주택과 신축주택의 거주기간을 통산하여, 청산금납부분은 신축주택에서의 거주기간만으로 판단합니다. 관리처분계획인가 후 철거 전까지 기존주택에 거주하였더라도 신축주택에서 2년 이상 거주하지 않은 세대의 청산금납부분에는 일반 공제율(표 1)이 적용되었습니다.
④ 청산금납부분의 거주기간별 공제율은 관리처분계획인가일부터 양도일까지 실제 거주한 기간에 따라 적용한다는 것이 국세청 예규이며, 청산금을 지급받은 신축주택은 인가일 이후 철거 전까지 기존주택에 거주한 기간도 거주기간별 공제율 산정에 포함됩니다.
1. 기존주택의 취득일을 기준으로 보유기간을 계산하는 조합원
관리처분계획인가일 전에 기존주택을 취득한 조합원의 신축주택은 「소득세법 시행령」 제166조 제5항에 따라 기존주택의 취득일을 기준으로 보유기간을 계산하며, 2003. 07. 01.부터 2005. 05. 30.까지 사업시행인가를 받은 재건축사업의 주택을 사업시행인가 후, 관리처분계획인가 전에 취득한 경우에는 처분청과 서울고등법원은 신축주택의 사용승인일부터, 조세심판원은 기존주택의 취득일부터 보유기간을 기산하였습니다.
관리처분계획인가로 기존주택은 조합원입주권(신축주택에 입주할 수 있는 지위)으로 전환됩니다(「소득세법」 제88조 제9호).
인가 전에 기존주택을 취득한 조합원(원조합원)이 신축주택을 양도하면 기존건물분 양도차익의 보유기간은 기존주택의 취득일부터 신축주택의 양도일까지입니다(「소득세법 시행령」 제166조 제5항 제2호 나목).
인가 후에 조합원입주권을 취득한 조합원(승계조합원)의 신축주택은 사용승인서 교부일 등 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제4호의 취득시기부터 보유기간을 계산합니다.
가. 관리처분계획인가 고시일 전에 취득한 주택
관리처분계획 인가일과 같은 날 소유권이전등기를 하고 그 이틀 뒤 인가가 고시된 주택을 취득한 세대는, 관리처분계획인가일 전에 주택을 취득한 것으로 보아 「소득세법 시행령」 제166조 제5항에 따라 재건축주택의 보유기간을 계산하였습니다(사전-2025-법규재산-0794, 2026. 06. 22.).
이 세대는 2015. 01. 23. 재건축사업 대상 주택의 매매계약을 체결하고 2015. 01. 27. 소유권이전등기를 하였으며, 잔금은 등기 이후에 청산한 것을 전제로 하였습니다.
잔금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우 취득일은 등기접수일입니다(「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제2호).
그 주택의 관리처분계획은 2015. 01. 27. 인가되어 2015. 01. 29. 고시되었고, 재건축주택은 2018. 12. 완공되어 2025. 06. 양도되었습니다.
국세청은 관리처분계획인가일을 지방자치단체의 공보에 고시한 날로 보았습니다.
사전-2025-법규재산-0794, 2026. 06. 22.
관리처분계획인가일(지방자치단체의 공보에 고시한 날) 전 주택을 취득하여 해당 주택이 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업으로 신축된 경우 재건축주택의 장기보유특별공제 적용시 보유기간은 「소득세법 시행령」제166조제5항에 따라 계산하는 것입니다.
나. 2003. 07. 01.부터 2005. 05. 30.까지 사업시행인가를 받은 재건축사업의 주택
2005. 05. 19. 사업시행인가를 받은 재건축사업의 주택을 사업시행인가 후, 관리처분계획인가 전에 취득한 부부에게 신축주택의 사용승인일부터 보유기간을 계산하여 경정·고지한 양도소득세가 취소되었습니다(조심 2026중0088, 2026. 05. 14.).
부부 중 한 사람이 2009. 02. 23. 서울 서초구의 주택을 취득하여 2010. 02. 01. 배우자에게 지분 3분의 1을 증여하였습니다.
그 주택의 재건축사업은 2005. 05. 19. 사업시행인가, 2010. 08. 24. 관리처분계획인가를 받아 2016. 08. 30. 준공되었고, 부부는 2019. 08. 30. 신축주택을 양도하였습니다.
부부는 기존주택의 취득일부터 보유기간을 기산하여 1세대1주택(고가주택)의 장기보유특별공제를 적용해 신고하였습니다.
처분청은 다른 납세자들이 제기한 같은 사실관계의 소송에서 선고된 서울고등법원 판결(2024. 10. 17. 선고 2023누58345)에 따라, 2005. 05. 31. 전에 사업시행인가를 받은 재건축사업의 주택은 사업시행인가일에 조합원입주권으로 전환되므로 부부가 취득한 것은 조합원입주권이라고 보았습니다.
처분청은 신축주택의 사용승인일부터 보유기간을 계산하여 2025. 05. 01. 양도소득세를 경정·고지하였습니다.
국세청도 2003. 07. 01.부터 2005. 05. 30.까지 사업시행인가를 받은 재건축사업은 사업시행인가일을 관리처분계획인가일로 보아 거주기간을 판단하였습니다(사전-2024-법규재산-0713, 2024. 10. 30.).
반면, 조세심판원은 「도시 및 주거환경정비법」상 관리처분계획인가를 받아야 조합원입주권을 취득한 것으로 볼 수 있으므로, 부부는 기존주택을 취득하여 재건축사업을 거친 신축주택을 양도한 것이라고 판단하였습니다(조심 2026중0090, 2026. 04. 21., 조심 2024서5737, 2025. 09. 25. 조세심판관합동회의 같은 뜻).
2026. 05. 14. 결정 당시 처분청이 근거로 든 서울고등법원 판결은 대법원 2024두61025로 상고심이 진행 중이었습니다(조심 2026중0088 결정문).
조심 2026중0088, 2026. 05. 14.
구소득령 제155조 제16항은 조합원입주권 자체를 양도하는 경우에 한정적으로 적용되는 규정으로서 (...) 주택재건축정비사업을 통하여 건축된 신축주택을 양도하는 경우의 취득시기에 대해서까지 일반적으로 규정한 것으로 보기는 어려운 점
2. 기존건물분과 청산금납부분의 보유기간
원조합원이 청산금을 납부하고 취득한 신축주택의 양도차익은 기존건물분 양도차익과 청산금납부분 양도차익으로 나누어, 기존건물분은 기존주택의 취득일부터, 청산금납부분은 관리처분계획인가일부터 신축주택의 양도일까지를 보유기간으로 하여 장기보유특별공제를 계산합니다.
청산금은 종전 자산의 평가액(권리가액)과 분양받은 신축주택의 가격의 차액이며, 분양받은 신축주택의 가격이 더 높으면 조합원이 그 차액을 청산금으로 납부합니다(「도시 및 주거환경정비법」 제89조 제1항).
청산금을 납부한 조합원의 신축주택 양도차익은 먼저 관리처분계획인가 전 양도차익(기존주택의 평가액에서 취득가액과 필요경비를 차감한 금액)과 인가 후 양도차익으로 나눕니다(「소득세법 시행령」 제166조 제1항 제1호).
인가 후 양도차익에 "납부한 청산금 ÷ (기존주택의 평가액 + 납부한 청산금)"의 비율을 곱한 금액이 청산금납부분 양도차익이고, 나머지 인가 후 양도차익과 인가 전 양도차익을 합한 금액이 기존건물분 양도차익입니다(「소득세법 시행령」 제166조 제2항 제1호).
기존주택의 평가액은 관리처분계획에 따라 정하여진 가격이며, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 합니다(「소득세법 시행령」 제166조 제4항 제1호).
「소득세법 시행령」 제166조 제5항 제2호
가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계획등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간 나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간
3. 1세대1주택 공제율(표 2)의 거주기간 2년
청산금을 납부한 신축주택의 2년 거주요건은 기존건물분 양도차익에 대해서는 기존주택과 신축주택의 거주기간을 통산하여 판단하지만, 청산금납부분 양도차익에 대해서는 신축주택에서의 거주기간만으로 판단한다는 것이 대법원 판례입니다.
1세대1주택 공제율(표 2)은 양도일 현재 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 주택에 적용되며, 보유기간과 거주기간에 각각 연 4%씩, 합계 최대 80%까지 공제합니다(「소득세법」 제95조 제2항, 같은 법 시행령 제159조의4).
이 요건을 갖추지 못한 양도차익에는 일반 공제율(표 1)이 적용되어 보유기간 3년 이상부터 연 2%씩, 최대 30%까지 공제합니다(「소득세법」 제95조 제2항 표 1).
관리처분계획인가 후에도 4년 넘게 기존주택에 거주하였으나 신축주택에는 거주하지 않은 세대는, 청산금납부분 양도차익에 일반 공제율(표 1)이 적용되어 양도소득세가 과세되었습니다(대법원 2026. 01. 08. 선고 2025두34147 판결, 개정 전 조문 사건).
이 세대는 2005. 04. 22. 서울 강남구의 기존주택을 취득하여 2005. 04. 25.부터 2010. 12. 29.까지 거주하였습니다.
기존주택은 2006. 12. 22. 재건축사업의 관리처분계획인가를 받았고, 2011. 07.경부터 철거와 신축공사를 거쳐 2014. 01. 24. 신축주택으로 사용승인되었습니다.
세대는 청산금을 납부하고 취득한 신축주택을 2020. 03. 06. 양도하면서 양도차익 전체에 1세대1주택 공제율 80%를 적용하여 신고하였습니다.
처분청은 기존건물분 양도차익에는 신고한 80%를 그대로 두고, 청산금납부분 양도차익에는 신축주택에서 2년 이상 거주하지 않았다고 보아 표 1의 공제율 26%를 적용하여 2022. 11. 07. 양도소득세를 경정·고지하였습니다.
반면, 제1심 법원은 관리처분계획인가일부터 양도일까지 기존주택과 신축주택의 거주기간을 통산하면 2년 이상이라고 보아 처분을 취소하였습니다(서울행정법원 2024. 09. 04. 선고 2023구단67975 판결).
서울고등법원은 제1심판결을 취소하고 청구를 기각하였으며(서울고등법원 2025. 06. 20. 선고 2024누60680 판결), 대법원은 상고를 기각하였습니다.
대법원은 청산금납부분과 기존건물분의 보유기간을 구분한 「소득세법 시행령」 제166조 제5항 제2호와 1세대1주택 공제율에 거주요건을 추가한 개정 취지를 들어, 청산금납부분의 거주요건은 신축주택에서의 거주기간만으로 판단하여야 한다고 보았습니다.
대법원 2026. 01. 08. 선고 2025두34147 판결
(...) 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 하는 요건은, 기존건물분 양도차익에 대해서는 기존건물에서의 거주기간과 신축주택에서의 거주기간을 통산하여 살펴야 하지만, 청산금납부분 양도차익에 대해서는 신축주택에서의 거주기간만을 가지고 그 요건의 충족 여부를 판단하여야 한다.
기존주택에 10년 이상 거주하고 신축주택에는 2년 이상 거주하지 않은 세대도, 기존건물분 양도차익에는 표 2의 보유기간별 공제율이 적용되었으나 청산금납부분 양도차익에는 표 2의 보유기간별 공제율이 적용되지 않았습니다(서면-2021-부동산-8390, 2022. 02. 22., 서면-2021-부동산-1042, 2021. 03. 11. 같은 뜻).
이 세대는 1980. 05. 서울의 A주택을 취득하였고, A주택은 2008. 07. 재건축으로 완성되었으며, 세대는 2021. 03. 다른 주택을 과세로 양도한 뒤 A주택의 양도를 앞두고 있었습니다.
기존주택에 6년 4개월 거주하고 신축주택에는 거주하지 않은 세대도, 청산금납부분 양도차익에 표 1의 일반 공제율이 적용되어 심판청구가 기각되었습니다(조심 2024서0090, 2024. 03. 27., 조심 2022전1957, 2022. 12. 07. 같은 뜻, 개정 전 조문 사건).
4. 거주기간별 공제율의 거주기간
청산금납부분 양도차익의 거주기간별 공제율은 관리처분계획인가일부터 양도일까지의 기간 중 실제 거주한 기간에 따라 적용하고, 청산금을 지급받은 신축주택은 관리처분계획인가일 이후 철거되지 않은 기존주택에 거주한 기간도 포함하여 산정한다는 것이 국세청 예규입니다.
거주기간별 공제율은 거주기간 2년 이상 3년 미만(보유기간 3년 이상인 경우에 한정)의 8%부터 1년마다 4%씩 늘어 10년 이상이면 40%입니다(「소득세법」 제95조 제2항 표 2).
가. 청산금을 납부한 신축주택
기존주택에 20년 이상 거주하고 재개발사업으로 청산금을 납부한 세대는, 청산금납부분 양도차익의 거주기간별 공제율을 관리처분계획인가일 이후 신축아파트에 실제 거주한 기간으로 계산하였습니다(사전-2022-법규재산-1126, 2023. 05. 26.).
이 세대는 1978. 04. 19. 기존주택을 취득하여 1999. 05. 06.까지 거주하였고, 관리처분계획은 1999. 09. 14. 인가되었으며, 신축아파트는 2001. 10. 31. 사용승인되었습니다.
세대는 신축아파트에 2006. 09. 25.부터 2009. 10. 09.까지, 2017. 11. 22.부터 2022. 10. 07. 양도일까지 거주하였습니다.
질의는 청산금납부분의 거주기간에 관리처분계획인가 전후의 거주기간을 통산하는지였고, 국세청은 청산금납부분의 보유기간(관리처분계획인가일부터 양도일까지) 중 실제 거주한 기간에 따라 공제율을 적용한다고 보았습니다.
이 세대는 관리처분계획인가일 전에 기존주택에서 전출하였으므로, 인가일 이후의 거주는 신축아파트 거주뿐이었습니다.
관리처분계획인가 후 철거 전까지 기존주택에 거주한 기간을 청산금납부분의 거주기간별 공제율에 산입하는지를 판단한 예규·판례는 확인되지 않으며, 대법원은 같은 기간을 청산금납부분의 2년 거주요건 판단에 산입하지 않았습니다(대법원 2025두34147).
사전-2022-법규재산-1126, 2023. 05. 26.
청산금납부분 양도차익에 대한 「소득세법」 제95조제2항 표2에 따른 거주기간별 공제율은 같은 법 시행령 제166조제5항제2호 가목의 보유기간 중 실제 거주한 기간에 따라 적용하는 것입니다.
나. 청산금을 지급받은 신축주택
재건축사업으로 청산금을 지급받은 세대는, 관리처분계획인가일(이 사안에서는 사업시행인가일) 이후 철거 전까지 기존주택에 거주한 기간을 포함하여 신축주택의 거주기간별 공제율을 계산하였습니다(사전-2024-법규재산-0713, 2024. 10. 30.).
이 세대는 2003. 06. 12. 기존주택을 취득하였고, 그 주택의 재건축 사업시행계획은 2005. 05. 16. 인가되었습니다.
세대는 2005. 07. 26.부터 2013. 01. 10.까지 기존주택에 거주하였고, 기존주택은 2013. 03. 04. 철거가 시작되어 2016. 08. 30. 신축주택으로 사용승인되었습니다.
세대는 2016. 10. 27.부터 2024. 08. 30.까지 신축주택에 거주하고 2024. 08. 신축주택을 양도하였습니다.
기존주택의 권리가액이 조합원 분양금액보다 커 세대는 청산금을 지급받았으므로, 이 신축주택에는 청산금납부분 양도차익이 없었습니다.
국세청은 사업시행인가일 이후 철거되지 않은 기존주택에 거주한 7년 5개월을 신축주택의 거주기간별 공제율 산정에 포함한다고 보았습니다.
사전-2024-법규재산-0713, 2024. 10. 30.
[표2]에 따른 거주기간별 공제율을 산정할 때 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획의 인가일(2003.7.1. ~ 2005.5.30. 까지는 사업시행인가일) 이후 철거되지 않은 기존주택에 거주하는 경우, 해당 거주기간을 포함하여 산정하는 것입니다.
1세대1주택 공제율(표 2)에 보유기간 중 거주기간 2년 요건을 둔 「소득세법 시행령」 제159조의4(당시 제159조의3)는 2020. 01. 01. 이후 양도하는 분부터 적용되었습니다(2018. 10. 23. 대통령령 제29242호 부칙 제3조).
표 2를 보유기간별 공제율과 거주기간별 공제율로 나눈 「소득세법」 제95조 제2항은 2021. 01. 01. 이후 양도하는 분부터 적용되었습니다(2020. 08. 18. 법률 제17477호 부칙 제2조).
대법원 2025두34147과 조심 2024서0090은 거주기간별 공제율이 신설되기 전인 2020년 양도분에 관한 사건이며, 그 판단은 2년 거주요건을 규정한 제159조의4(당시 제159조의3)에 관한 것입니다.
2005. 05. 31. 전에 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 사업시행인가를 받은 재건축사업 조합원의 1세대1주택 특례와 양도차익 산정에는 개정 전 규정이 적용되며(2005. 05. 31. 대통령령 제18850호 부칙 제4조), 1.의 나.의 사건은 이 개정 전 제155조 제16항의 적용 범위에 관한 것입니다.
신축주택을 양도하기 전에는 기존주택의 취득일(잔금청산일, 잔금 전에 등기하였다면 등기접수일)과 관리처분계획인가 고시일을 먼저 대조하시기 바랍니다.
조합의 관리처분계획서에서 기존주택의 평가액(권리가액)과 납부한 청산금을 확인하시면 청산금납부분 양도차익을 나누어 계산하실 수 있습니다.
청산금을 납부한 신축주택을 양도하실 예정이면 사용승인 후 신축주택의 주민등록표 등본상 거주기간이 2년 이상인지 확인하시기 바랍니다.
2003. 07. 01.부터 2005. 05. 30.까지 사업시행인가를 받은 재건축 단지의 주택을 사업시행인가 후에 취득하신 경우에는 사업시행인가 고시일과 관리처분계획인가 고시일을 함께 확인하시기 바랍니다.