장기일반민간임대주택 장기보유특별공제 50%·70%의 등록과 임대료 요건
임대사업자가 등록한 임대주택을 양도할 때, 「조세특례제한법」 제97조의3의 요건을 갖추면 임대기간 중 발생한 양도차익에 대하여 장기보유특별공제율 100분의 50 또는 100분의 70이 적용됩니다.
같은 주택을 10년 가까이 임대하였더라도 등록 유형과 등록 시기, 임대료 증액 폭이 요건에 맞지 않으면 이 공제율 대신 일반 공제율(보유기간 15년 이상 100분의 30 한도)이 적용됩니다.
핵심 정리
① 구 「임대주택법」에 따른 매입임대주택·건설임대주택으로 등록하고 준공공임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 등록하지 않은 주택에는, 임대기간과 관계없이 이 특례가 적용되지 않았습니다.
② 2022. 12. 31. 이전 등록분은 종전 규정에 따라 8년 이상 임대하면 100분의 50, 10년 이상 임대하면 100분의 70이 적용되고, 2023. 01. 01. 이후 등록분은 민간건설임대주택을 2027. 12. 31.까지 등록하여 10년 이상 임대한 경우에만 100분의 70이 적용됩니다.
③ 종전 규정의 민간매입임대주택 등록기한은 2020. 12. 31.이었으므로, 2021년에 민간매입임대주택으로 재등록한 주택에는 이 특례가 적용되지 않았습니다.
④ 등록 기간 중 임대료를 직전 계약 대비 5%를 초과하여 한 번이라도 증액하면, 2020. 02. 11. 전의 계약이라도 이 특례가 적용되지 않았습니다.
⑤ 국민주택규모 이하이고 임대개시일 당시 기준시가 6억원(수도권 밖 3억원, 2018. 09. 14. 이후 취득분) 이하이어야 하며, 재건축으로 국민주택규모를 초과하게 된 주택에는 적용되지 않았습니다.
1. 장기일반민간임대주택으로의 등록
이 특례는 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택(종전의 준공공임대주택 포함)으로 등록한 주택에 적용되며, 조세심판원과 국세청은 구 「임대주택법」에 따른 매입임대주택으로 등록하고 변경 등록하지 않은 주택에 이 특례를 적용하지 않았습니다.
임대주택은 취득 방법에 따라 매입임대주택과 건설임대주택으로 나누고, 이와 별도로 임대할 기간에 따라 단기민간임대주택과 장기일반민간임대주택(현행 10년) 등으로 나누어 등록합니다(「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 제2항).
따라서 민간매입임대주택이면서 장기일반민간임대주택인 주택도 있고, 이 특례에서 문제되는 것은 장기일반민간임대주택 등으로 등록하였는지입니다.
장기일반민간임대주택은 2018. 07. 17. 전에는 준공공임대주택이라는 이름이었고, 2015. 12. 29. 전에는 구 「임대주택법」에 따라 등록하였습니다.
다른 법령에서 장기일반민간임대주택을 인용하는 경우에는 종전 규정에 따라 등록한 준공공임대주택이 포함됩니다(「민간임대주택에 관한 특별법」 부칙(2018. 01. 16. 법률 제15356호) 제5조 제2항).
가. 변경 등록하지 않은 매입임대주택
구 「임대주택법」에 따라 임대사업자 등록을 하고 9년 6개월 동안 임대한 아파트의 양도에 장기보유특별공제율 100분의 50을 적용하여 신고한 임대사업자는, 일반 공제율 100분의 26으로 양도소득세가 경정되었습니다(조심 2026인2161, 2026. 09. 30., 기각).
청구인은 2011. 11. 29. 전용면적 84.87㎡ 아파트를 전세를 승계하여 취득하였고, 2015. 12. 09. 구 「임대주택법」에 따라 구청에 임대사업자 등록(청구인 주장으로는 매입임대 등록)을 하였습니다.
청구인은 그 아파트를 준공공임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 등록하지 않은 상태에서 2025. 05. 16. 양도하였습니다.
청구인은 「민간임대주택에 관한 특별법」의 입법 취지가 임대기간 유지에 있으므로 변경 등록 여부와 관계없이 공제율 100분의 50을 적용하여야 하고, 그렇지 않더라도 장기임대주택에 해당하므로 「조세특례제한법」 제97조의4의 추가공제율 100분의 10을 적용하여야 한다고 주장하였습니다.
조세심판원은 청구인이 장기일반민간임대주택으로 등록한 사실이 없다고 보았고, 이 사건에서는 준공공임대주택 등록이 2013. 04. 01. 이후 매매계약을 체결한 주택에 한정되었던 점(구 「임대주택법」 2013. 06. 04. 법률 제11870호 부칙 제2조)도 함께 들었습니다.
조세심판원은 2021. 05. 17. 전세계약이 월세계약으로 변경되면서 임대보증금 증가율이 5%를 초과(전환율 2.5%)한 것으로 보이는 점 등을 함께 들어, 제97조의3과 제97조의4 모두에 해당하지 않는다고 보았습니다.
조심 2026인2161, 2026. 09. 30.
청구인이 쟁점아파트를 장기일반민간임대주택으로 등록한 사실이 없고, (...) 2011.11.29. 청구인이 취득한 쟁점아파트는 당초부터 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 등록요건을 충족하지 못하는 점
2008년경부터 매입임대주택으로 임대한 주택들을 양도하면서 공제율 100분의 50 또는 70을 적용한 다른 임대사업자도, 장기일반민간임대주택으로 전환한 이력이 없어 제97조의4에 따른 공제율 100분의 30·32로 경정되었습니다(조심 2022광6166, 2022. 08. 09., 기각).
장기일반민간임대주택으로 등록하지 않은 주택을 양도하면서 공제율 100분의 70을 적용한 다른 임대사업자의 청구도 기각되었습니다(조심 2022서6972, 2022. 10. 12., 기각).
국세청도 구 「임대주택법」에 따른 매입임대주택으로 등록하여 임대하다가 장기일반민간임대주택으로 변경 등록하지 않은 경우에는 이 특례가 적용되지 않는다고 보았습니다(서면-2020-부동산-3267, 2022. 08. 23.).
2004년에 분양받은 아파트를 매입임대주택으로 등록하였다가 2020. 08. 18. 자동말소된 사안에서도, 국세청은 같은 예규를 들어 이 특례를 적용할 수 없다고 보았습니다(서면-2024-부동산-4740, 2026. 06. 11.).
구 「임대주택법」에 따른 건설임대주택으로 등록하고 변경 등록하지 않은 주택에도 이 특례가 적용되지 않았습니다(사전-2025-법규재산-0814, 2025. 11. 26.).
나. 준공공임대주택으로 등록한 주택
준공공임대주택으로 8년 이상 계속 등록한 뒤 임대의무기간 종료로 등록이 말소된 주택은, 종전 규정(2022. 12. 31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것)의 이 특례를 적용받을 수 있었습니다(사전-2026-법규재산-0401, 2026. 06. 22.).
이 예규는 등록 말소가 특례 적용을 막지 않는다는 취지이고, 임대료 증액 제한 등 다른 요건은 따로 갖추어야 합니다.
2. 등록의 시기와 공제율
2022. 12. 31. 이전에 등록한 주택에는 종전 규정이 적용되어 민간매입임대주택은 2020. 12. 31.까지, 민간건설임대주택은 2022. 12. 31.까지 등록하였어야 하고, 2023. 01. 01. 이후 등록하는 주택은 민간건설임대주택을 2027. 12. 31.까지 등록한 경우에만 적용됩니다.
종전 규정은 8년 이상 계속 임대하면 100분의 50, 10년 이상 계속 임대하면 100분의 70의 공제율을 적용합니다.
2020. 07. 11. 이후 아파트 민간매입임대주택을 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 주택과 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택 등으로 변경 신고한 주택은 종전 규정에서도 제외되었습니다.
「조세특례제한법」 부칙(2022. 12. 31. 법률 제19199호) 제38조
이 법 시행 전에 등록을 한 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택에 대한 양도소득세 과세특례에 관하여는 제97조의3제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
2023. 01. 01. 이후 등록분에 적용되는 현행 규정은 대상을 민간건설임대주택으로 한정하고, 10년 이상 계속 임대한 경우 100분의 70만 적용합니다.
민간건설임대주택은 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택 또는 주택건설사업자가 사용검사 때까지 분양되지 않아 임대하는 주택을 말합니다(「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호).
「조세특례제한법」 제97조의3 제1항
대통령령으로 정하는 거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택으로서 같은 조 제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 2027년 12월 31일까지 등록[(...)]한 후 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 그 주택을 양도하는 경우 (...) 100분의 70의 공제율을 적용한다.
임대사업자가 직접 신축한 주택이라도 매입임대주택으로 등록하였다가 자동말소된 뒤 2021년에 민간매입임대주택으로서 장기일반민간임대주택으로 재등록한 경우에는, 이 특례를 적용받을 수 없었습니다(사전-2026-법규재산-0216, 2026. 06. 18.).
신청인은 2012. 12. 28. 사용승인을 받은 도시형생활주택 24호를 2013. 02. 07. 구 「임대주택법」에 따른 매입임대주택으로 등록하였습니다.
그 등록은 2020. 11. 07. 임대의무기간 종료로 자동말소되었고, 신청인은 2021. 12. 14. 같은 주택을 장기일반민간임대주택(민간매입임대주택, 10년)으로 다시 등록하였습니다.
신청인은 2025. 09.부터 2025. 12.까지 그 가운데 21호를 임대사업자 지위를 포괄승계하는 조건으로 양도하였습니다.
사전-2026-법규재산-0216, 2026. 06. 18.
(...) 등록이 말소된 후 해당 주택을 '21.1.1. 이후 민간매입임대주택으로서 장기일반민간임대주택으로 재등록한 경우, 「조세특례제한법」 제97조의3에 따른 장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례를 적용받을 수 없는 것입니다.
이 재등록은 2022. 12. 31. 이전에 이루어져 종전 규정이 적용되는 등록이고, 종전 규정의 민간매입임대주택 등록기한(2020. 12. 31.)이 지난 뒤의 등록이었습니다.
3. 임대료 증액 제한
등록 기간 중 임대보증금 또는 임대료를 직전 계약 대비 5%를 초과하여 증액하면 이 특례가 적용되지 않으며, 증액은 직전 계약이나 증액이 있은 후 1년 이내에는 청구할 수 없습니다.
임대보증금과 월임대료를 서로 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항에 따른 전환 기준으로 환산하여 증가율을 계산합니다.
「조세특례제한법 시행령」 제97조의3 제3항 제1호
임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, (...)
준공공임대주택으로 등록한 주택의 임대료를 2016년 갱신 계약에서 한 번 9.7% 증액한 임대사업자는, 그 뒤 계약은 5% 이내로 증액하였으나 이 특례를 적용받을 수 없었습니다(사전-2026-법규재산-0356, 2026. 06. 11.).
신청인은 2014. 01. 경기도 안산시의 주택을 취득하여 준공공임대주택으로 등록하였고, 2014. 02. 기존 임차인과 종전 계약의 잔존기간에 대하여 계약하였습니다.
2014. 09. 같은 임차인과 임대료를 동결하여 갱신하였고, 2016. 09. 임대료를 9.7% 증액하여 계약하였습니다.
2018년 이후에는 2년 단위로 5%씩 증액하여 계약하였고, 등록은 2024. 02. 자동말소되었으며, 신청인은 2026. 02. 그 주택을 양도하였습니다.
9.7% 증액은 시행령이 "연 증가율"로 규정하던 2020. 02. 11. 전의 계약이었고 직전 계약과 2년 간격이었으나, 국세청은 종전의 임대료 대비 증가율로 판정하였습니다.
사전-2026-법규재산-0356, 2026. 06. 11.
장기일반민간임대주택을 임대하는 거주자가 「조세특례제한법 시행령」제97조의3제3항제3호의 임대기간 중 종전의 임대료 대비 100분의5를 초과하여 증액하는 경우에는 「조세특례제한법」제97조의3에 따른 특례를 적용할 수 없는 것입니다.
2년 단위 재계약에서 임대보증금을 7.69% 증액한 다른 임대사업자도, 공제율 100분의 50 대신 100분의 30으로 양도소득세가 경정되었습니다(조심 2023서3202, 2023. 09. 21., 일부경정, 개정 전 조문 사건).
이 임대사업자는 2004. 05. 24. 취득한 주택을 2009. 03. 04. 단기임대로 등록하였다가 2012. 09. 27. 장기임대로 전환하였고, 2016. 11. 정한 임대보증금을 2018. 10. 재계약에서 7.69% 증액한 뒤 2020. 12. 29. 양도하였습니다.
임대사업자는 당시 조문이 "연 증가율"로 되어 있었으므로 연 환산 증가율 4.15%는 요건을 충족한다고 주장하였습니다.
조세심판원은 국토교통부 보도자료와 기획재정부 예규가 직전 계약 대비 5% 이내로 일관되게 보고 있었다는 등의 이유로 그 주장을 받아들이지 않았습니다.
반면, 조세심판원은 2020. 02. 11. 시행령 개정 이유가 증액 제한 규정을 명확하게 하려는 것이었던 점 등을 들어 과소신고가산세와 지방소득세 부분은 부과하지 않는 것으로 경정하였고, 납부지연가산세는 유지하였습니다.
4. 국민주택규모와 기준시가
이 특례는 국민주택규모 이하이고 임대개시일 당시 주택과 부수토지의 기준시가 합계액이 6억원(수도권 밖은 3억원)을 초과하지 않는 주택(기준시가 요건은 2018. 09. 14. 이후 취득분)에 적용되며, 국세청은 재건축으로 국민주택규모를 초과하게 된 주택에 이 특례를 적용하지 않았습니다.
국민주택규모는 주거전용면적 85㎡ 이하(수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍·면 지역은 100㎡ 이하)를 말합니다(「주택법」 제2조 제6호).
다가구주택은 가구당 전용면적을 기준으로 합니다(「조세특례제한법 시행령」 제97조의3 제3항 제2호).
기준시가는 양도일이 아니라 임대개시일 당시의 기준시가로 판정합니다.
2018. 09. 13. 이전에 주택(주택을 취득할 수 있는 권리 포함)을 취득하였거나 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우에는 기준시가 요건이 적용되지 않습니다(2018. 10. 23. 대통령령 제29241호 부칙 제2조 제2항).
「조세특례제한법 시행령」 제97조의3 제3항 제2호·제4호
2. 「주택법」 제2조제6호에 따른 국민주택규모 이하의 주택(해당 주택이 다가구주택일 경우에는 가구당 전용면적을 기준로 한다)일 것 (...) 4. 장기일반민간임대주택등 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니할 것
국민주택규모의 주택을 장기일반민간임대주택으로 등록하였다가 재건축사업으로 국민주택규모를 초과하는 주택을 분양받은 임대사업자는, 이 특례를 적용받을 수 없었습니다(서면-2021-법규재산-6935, 2022. 04. 21.).
이 예규는 2020. 07. 10. 이전에 완공되어 임대등록한 것을 전제로 한 것입니다.
「조세특례제한법」 제97조의3 제1항은 2022. 12. 31. 법률 제19199호로 개정되어 2023. 01. 01.부터 시행되었고, 등록기한은 2024. 12. 31. 법률 제20617호로 2027. 12. 31.까지 연장되었습니다.
임대료 증액 제한의 "연 증가율"을 "증가율"로 바꾸고 1년 이내 증액 청구 제한을 둔 2020. 02. 11. 대통령령 제30390호의 개정규정은 그 영 시행 이후 임대차계약을 갱신하거나 새로 체결하는 분부터 적용되었습니다(같은 영 부칙 제16조).
그 전의 계약에 대하여도 국세청과 조세심판원은 직전 계약 대비 5% 이내인지로 판정하였습니다(사전-2026-법규재산-0356, 조심 2023서3202).
이 특례는 임대기간 중 발생한 양도차익에 한정하여 적용되고, 「조세특례제한법」 제97조의4의 추가공제율과 중복하여 적용되지 않습니다(같은 조 제2항).
과세특례는 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고와 함께 과세특례적용신청서를 제출하는 방법으로 신청합니다.
양도를 앞둔 임대사업자분들은 시·군·구청의 임대사업자 등록증에서 등록 유형이 준공공임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 기재되어 있는지와 등록일·변경신고일을 먼저 확인하시기 바랍니다.
등록 기간 중 체결한 임대차계약서를 모두 모아 직전 계약 대비 증가율이 5% 이내인지, 증액 간격이 1년 이상인지를 계약마다 확인하시기 바랍니다.
재건축 중이거나 재건축된 임대주택은 신축 주택의 전용면적과 임대개시일 당시의 기준시가를 함께 확인하시기 바랍니다.