농어촌주택 특례의 취득 순서 요건

양도소득세2026. 08. 27.서진호 세무사·공인중개사

「조세특례제한법」 제99조의4는 요건을 갖춘 농어촌주택 한 채를 취득하여 3년 이상 보유한 1세대가 일반주택을 양도하는 경우, 그 농어촌주택을 해당 세대의 소유주택이 아닌 것으로 보도록 정하고 있습니다. 시골에 집을 한 채 더 두고도 도시의 집을 1세대1주택으로 양도할 수 있게 하는 규정입니다.

이 특례는 농어촌주택을 취득하기 전부터 보유하던 주택을 양도하는 경우로 적용 범위가 한정되어 있습니다. 농어촌주택을 먼저 취득하고 도시의 주택을 나중에 취득한 세대는 나머지 요건을 갖추더라도 이 조문을 적용받지 못합니다.

제99조의4는 취득 순서 외에도 취득기간, 지역, 가액, 보유기간, 일반주택과의 연접 여부를 요건으로 정하고 있습니다. 그 가운데 취득 순서는 두 주택의 취득일로 이미 정해져 있는 요건입니다. 순서를 어느 날을 기준으로 판정하는지, 세대원 가운데 누가 취득했는지가 결론을 달리하는지, 순서가 뒤바뀐 세대에게 남는 규정이 무엇인지가 다투어집니다. 2026년 1월 1일부터는 연접 여부를 판정하는 범위에 동이 추가되었고, 농어촌주택등취득기간도 2028년 12월 31일까지로 연장되었습니다.

「조세특례제한법」 제99조의4 제1항 (2025. 12. 23. 법률 제21223호로 개정된 것)

거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대"라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2028년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌주택등취득기간"이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용한다.

1. 특례의 효과

이 특례의 효과는 농어촌주택을 주택 수에서 제외하는 데까지 미칩니다. 양도하는 일반주택 자체는 「소득세법 시행령」 제154조 제1항의 요건을 따로 갖추어야 합니다. 보유기간 2년, 취득 당시 조정대상지역에 있던 주택이라면 보유기간 중 거주기간 2년입니다.

2. 취득 순서 요건

일반주택을 먼저 취득하고 농어촌주택을 나중에 취득한 세대만 이 조문의 적용 대상이 됩니다.

서면-2024-부동산-0037 (부동산납세과-1623, 2024. 09. 25., 국세청)

일반주택을 취득 후 조세특례제한법§99의4 제1항이 적용되는 1채의 농어촌주택(자기가 건설하여 취득한 경우 포함)을 취득하고, 그 일반주택을 양도하는 경우 농어촌주택은 해당 1세대의 소유주택으로 보지 않고, 소득세법 제89조 제1항을 적용하는 것입니다.

위 예규는 서면-2020-부동산-3049(2020. 07. 24.)를 그대로 인용한 것이고, 같은 취지의 예규로 서면-2018-부동산-4063(2019. 05. 22.)이 있습니다.

가. 취득시기의 판정

분양으로 취득한 주택은 분양계약일과 잔금청산일 사이에 몇 해가 놓입니다. 그 사이에 농어촌주택을 취득하면 어느 날을 취득시기로 보는지에 따라 순서가 달라집니다.

조심 2026전1848, 2026. 06. 30. (기각)

청구인은 2015년 11월 30일 분양계약을 체결한 주택의 잔금을 2018년 2월 9일에 청산하였고, 그 사이인 2016년 3월 11일에 농어촌주택을 취득하였습니다. 청구인은 분양계약일을 취득시기로 보아 순서가 맞다고 주장하였습니다.

「소득세법」제98조에서는 자산의 취득시기를 대금을 청산한 날로 규정하고 있고, 쟁점주택의 잔금지급일은 2018.2.9.로 확인되어 쟁점주택의 취득시기가 쟁점농어촌주택의 취득일(2016.3.11.) 이후에 해당하여 조특법에 따른 양도소득세 과세특례 대상에 해당하지 않는 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점주택의 양도거래에 대한 1세대 1주택 비과세 규정의 적용을 배제하여 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

「소득세법」 제98조

자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

분양권을 보유한 상태에서 농어촌주택을 취득하면, 그 주택의 취득일은 잔금을 청산한 날이 되어 농어촌주택 취득일보다 뒤에 놓입니다.

나. 세대원 중 취득자

제1항의 요건은 1세대를 단위로 판정합니다. 여기서 1세대는 「소득세법」 제88조 제6호에 따른 1세대를 말합니다(「조세특례제한법 시행령」 제99조의4 제1항).

사전-2026-법규재산-0448 (2026. 04. 28., 국세청)

질의 사안은 甲이 2010년 9월 6일 대전 소재 A주택을 취득하고, 甲의 배우자 乙이 2013년 11월 27일 충남 서산의 읍ㆍ면 소재 B주택을 취득한 뒤 2026년 3월 31일 A주택을 양도하는 것이었습니다.

1세대가 일반주택을 취득하고 「조세특례제한법」제99조의4제1항이 적용되는 1채의 농어촌주택을 취득하여 3년이상 보유하고 일반주택을 양도하는 경우 해당 농어촌주택은 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용하는 것임

다. 주택 외 건물의 용도변경

서면-2024-법규재산-2865 (2026. 03. 16., 국세청)

질의 사안은 2023년 5월 일반주택을 취득한 세대가 농어촌지역의 근린생활시설을 취득하여 주택으로 용도변경한 뒤 그 일반주택을 양도하는 것이었습니다.

농어촌주택 취득기간에 「조세특례제한법」 제99조의4 제1항에 따른 특례가 적용되지 않는 주택외 건물을 취득하여 주택으로 용도변경 한 후 해당 주택외 건물 취득 전에 보유하던 다른 주택을 양도하는 경우, 양도하는 주택에 대하여 「조세특례제한법」 제99조의4 제1항에 따른 특례를 적용하지 않는 것입니다.

「소득세법」 집행기준 89-155-7

1세대 1주택자가 소유하던 상가를 용도 변경하여 주택으로 사용하는 때에는 주택으로 용도 변경한 때에 다른 주택을 취득한 것으로 보아 일시적인 1세대 2주택 비과세 특례 규정을 적용한다.

용도변경으로 주택이 되더라도 순서는 그 건물을 취득한 날을 기준으로 판정합니다.

라. 순서가 뒤바뀐 경우

조심 2022서7051, 2022. 11. 09. (기각)

청구인은 2010년 8월 17일 증여로 면 소재 농어촌주택을 취득하였고, 2014년 12월 1일 쟁점주택을 취득한 뒤 2020년 8월 10일 이를 양도하였습니다. 같은 청구인은 2005년 3월 28일 취득한 다른 주택을 2016년 9월 20일 양도할 때에는 같은 농어촌주택을 주택 수에서 제외하고 비과세를 적용받았습니다.

「조세특례제한법」제99조의4에서 1세대가 농어촌주택을 취득하여 3년 이상 보유하고 농어촌주택 취득 전에 보유하던 일반주택을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 1세대 1주택 비과세를 적용하도록 규정하고 있으나, 청구인은 2010.8.17. 쟁점농어촌주택을 취득한 후 2014.12.1. 쟁점주택을 취득하고 2020.8.10. 쟁점주택을 양도하여 위 과세특례를 적용할 수 없는 점 등에 비추어, 처분청에서 청구인이 쟁점주택 양도 당시 2주택자에 해당하는 것으로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

같은 농어촌주택을 보유하고 있어도 그보다 먼저 취득한 일반주택에만 이 특례가 적용됩니다. 위 사건에서 청구인은 양도소득세를 신고하지 아니하여 무신고가산세와 납부지연가산세까지 부과받았고, 심판원은 법령의 부지 또는 오인이 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 아니한다고 판단하였습니다(대법원 2006. 10. 26. 선고 2005두3714 판결 인용).

사전-2019-법령해석재산-0584 (2019. 12. 31., 국세청)

거주 중이던 조정대상지역 내의 A주택에 대한 재건축사업의 시행기간 동안 「조세특례제한법」제99조의4제1항에 따른 농어촌주택과 조정대상지역 내 B주택을 순차로 취득한 다음, A주택의 재건축사업이 완공된 후 2년 내 거주 중이던 B주택을 양도하는 경우 해당 B주택은 「소득세법 시행령」 제156조의2제5항에 따른 1세대1주택 특례 및 같은 영 제167조의11제1항제1호의 중과배제 대상 주택에 해당하지 않는 것입니다.

3. 「소득세법 시행령」 제155조 제7항의 농어촌주택

농어촌주택을 먼저 취득한 세대에게는 「소득세법 시행령」 제155조 제7항이 남습니다. 이 조문은 취득 순서를 요건으로 두고 있지 않습니다.

「소득세법 시행령」 제155조 제7항

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택으로서 수도권 밖의 지역 중 읍지역(도시지역안의 지역을 제외한다) 또는 면지역에 소재하는 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택"이라 한다)과 그 밖의 주택(이하 이 항 및 제11항부터 제13항까지에서 "일반주택"이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 다만, 제3호의 주택에 대해서는 그 주택을 취득한 날부터 5년 이내에 일반주택을 양도하는 경우에 한정하여 적용한다. 1. 상속받은 주택(피상속인이 취득후 5년이상 거주한 사실이 있는 경우에 한한다) 2. 이농인(어업에서 떠난 자를 포함한다)이 취득일후 5년이상 거주한 사실이 있는 이농주택 3. 영농 또는 영어의 목적으로 취득한 귀농주택

서면-2023-법규재산-2790 (법규과-782, 2024. 03. 29., 국세청)

농어촌주택 중 같은 영 제155조제10항의 규정에 의한 귀농주택을 일반주택보다 먼저 취득한 경우에도 귀농주택이 같은 영 제155조 제7항, 제10항부터 제12항까지의 요건을 충족하고 귀농 이전에 취득하여 같은 영 제154조제1항의 규정에 의한 비과세 요건을 충족하는 일반주택을 영농을 목적으로 세대전원이 귀농한 후 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조제1항을 적용하는 것입니다.

다만 귀농주택은 1,000제곱미터 이상의 농지 소유, 대지면적 660제곱미터 이내, 세대전원의 이사와 거주라는 요건을 함께 갖추어야 하고(같은 영 제155조 제10항), 귀농일부터 3년 이상 영농에 종사하지 아니하거나 그 기간 동안 거주하지 아니하면 이미 비과세받은 세액을 신고ㆍ납부하여야 합니다(같은 영 제155조 제12항). 이농주택은 영농 또는 영어에 종사하던 자가 전업으로 다른 시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면으로 전출하면서 소유하고 있는 주택으로 한정됩니다(같은 영 제155조 제9항).

「소득세법」 집행기준 89-155-24

이농주택은 영농 또는 영어에 종사하던 자가 전업으로 인하여 다른 시구읍면으로 전출할 때 이농하는 자가 소유하고 있는 주택을 말하는 것이므로, 일반주택을 먼저 취득한 후 농어촌주택을 취득한 경우 해당 농어촌주택은 이농주택에 해당되지 아니한다.

조심 2022서7051 사안에서는 이 조문도 적용되지 않았습니다. 농어촌주택을 증여로 취득하여 상속주택이 아니었고, 세대전원이 그 취득 전부터 서울에 거주하면서 손해사정업에 종사하여 이농주택과 귀농주택에도 해당하지 아니하였기 때문입니다.

두 규정의 농어촌주택 비교

4. 농어촌주택등취득기간

현행 조문의 취득기간은 2003년 8월 1일부터 2028년 12월 31일까지이고, 고향주택은 2009년 1월 1일부터입니다. 2025년 12월 23일 법률 제21223호로 개정되기 전에는 2025년 12월 31일까지였습니다.

「조세특례제한법」 집행기준 99의4-99의4-2

잔금청산일(또는 등기접수일 중 빠른 날)이 2003.8.1.~2025.12.31. 기간 내인 경우로서 농어촌주택 취득기간 중에 유상 또는 무상 취득한 경우, 자기가 건설하여 취득한 경우, 기존에 취득한 토지에 신축하여 취득하는 경우 및 농어촌주택 취득기간 내에 취득하여 해당 기간 경과 후 멸실하고 재건축한 경우를 포함한다.

기존에 보유하던 토지 위에 농어촌주택을 신축하는 경우도 취득에 포함됩니다. 국세청 예규는 토지를 먼저 취득한 후 그 지상에 있는 1채의 농어촌주택을 취득하는 경우에도 그 농어촌주택이 취득기간 중에 취득되고 각 목의 요건을 갖추면 특례를 적용한다고 보고 있습니다(부동산납세과-2367, 2015. 02. 02.).

5. 지역 요건

가. 읍ㆍ면 또는 대통령령으로 정하는 동

「조세특례제한법」 제99조의4 제1항 제1호 가목

취득 당시 「지방자치분권 및 균형성장에 관한 특별법」 제2조제13호에 따른 기회발전특구(인구감소지역 및 「접경지역 지원 특별법」 제2조제1호에 따른 접경지역이 아닌 수도권과밀억제권역 안의 기회발전특구는 제외한다. 이하 이 조 및 제5장의11에서 "기회발전특구"라 한다)에 소재하거나 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍ㆍ면 또는 인구 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 동에 소재할 것 1) 수도권지역. 다만, 「접경지역 지원 특별법」 제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조에 따른 도시지역. 다만, 인구감소지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 3) 「주택법」 제63조의2에 따른 조정대상지역 4) 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조에 따른 허가구역 5) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

동에 있는 주택은 시행령이 정한 시에 속한 동에 한하여 인정됩니다.

「조세특례제한법 시행령」 제99조의4 제2항

법 제99조의4제1항제1호가목1)부터 4)까지 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 동"이란 별표 12에 따른 시 지역에 속한 동을 말한다.

별표 12는 2015년 12월 주민등록인구를 기준으로 인구 20만명 이하인 시 26곳을 열거하고 있습니다. 제천시, 계룡시, 공주시, 논산시, 보령시, 당진시, 서산시, 동해시, 삼척시, 속초시, 태백시, 김제시, 남원시, 정읍시, 광양시, 나주시, 김천시, 문경시, 상주시, 안동시, 영주시, 영천시, 밀양시, 사천시, 통영시, 서귀포시입니다.

나. 제외지역

가목 5)의 관광단지는 「관광진흥법」 제2조에 따른 관광단지를 말합니다(같은 영 제99조의4 제5항).

헌법재판소 2015. 10. 21. 선고 2014헌바355 결정

심판대상조항이 1세대 1주택 양도소득세 비과세의 적용과 관련하여, 도시 지역에 해당하는 읍 또는 면 지역에 소재한 주택을 농어촌주택에서 제외한 것은 인구의 규모나 산업적 특성, 자본 유입 촉진의 필요성이 서로 다른 도시 지역과 농어촌 지역의 차이에 따른 것으로서 합리적인 이유가 있으므로, 심판대상조항은 조세평등주의에 위배되지 않는다.

다. 접경지역이면서 인구감소지역인 지역

수도권지역이라도 접경지역이면서 인구감소지역인 곳으로서 시행규칙이 열거한 지역은 제외지역에 해당하지 아니합니다.

「조세특례제한법 시행규칙」 제45조 제1항

영 제99조의4제3항 각 호 외의 부분에서 "재정경제부령으로 정하는 지역"이란 다음 각 호의 지역을 말한다. 1. 경기도 연천군 및 가평군 2. 인천광역시 강화군 및 옹진군

가평군은 2025년 3월 21일 기획재정부령 제1119호로 이 목록에 추가되었습니다.

서면-2025-법규재산-1706 (2026. 02. 04., 국세청)

1세대가 「조세특례제한법」 제99조의4제1항제1호에 해당하는 1개의 농어촌주택(가평군 읍ㆍ면소재)을 2025년 3월 21일 전 취득하여 3년 이상 보유하는 경우로서 해당 농어촌주택을 취득하기 전에 보유하던 일반주택을 2025년 3월 21일 이후 양도하는 경우에는 그 농어촌주택을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용하는 것입니다.

「조세특례제한법 시행규칙」 부칙 제1119호(2025. 03. 21.) 제4조

제45조제1항제1호의 개정규정은 이 규칙 시행 이후 주택을 양도하는 경우부터 적용한다.

도시지역이라도 인구감소지역이면서 기업도시개발구역인 곳으로서 시행규칙이 열거한 지역은 제외지역에 해당하지 아니합니다. 시행규칙은 영암ㆍ해남 관광레저형 기업도시개발구역과 태안 관광레저형 기업도시개발구역을 열거하고 있습니다(같은 규칙 제45조 제2항).

지역 요건을 정한 제1항 제1호 가목은 2023년 12월 31일 법률 제19936호로 개정되었습니다.

「조세특례제한법」 부칙 제19936호(2023. 12. 31.) 제16조

제99조의4제1항제1호가목의 개정규정은 이 법 시행 이후 일반주택을 양도하는 경우부터 적용한다.

6. 가액 요건

「조세특례제한법」 제99조의4 제1항 제1호 나목

주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

여기서 한옥은 「건축법 시행령」 제2조 제16호에 따른 한옥으로서 지방자치단체의 조례에 따라 건축비ㆍ수선비 지원이나 보존의무의 대상으로 그 지방자치단체의 장에게 등록된 한옥을 말합니다(「조세특례제한법 시행령」 제99조의4 제14항).

적용할 금액 기준은 양도 시점의 법률이 정합니다.

서면-2023-부동산-2896 (부동산납세과-535, 2024. 04. 02., 국세청)

질의 사안은 1997년 2월 일반주택을 취득하고 2022년 4월에 기준시가 2억원 초과 3억원 미만인 농어촌주택을 취득한 세대에 관한 것이었습니다. 취득 당시의 법률은 가액 기준을 2억원으로 정하고 있었습니다.

1세대가 「조세특례제한법」 제99조의4제1항제1호에 해당하는 1개의 농어촌주택(취득 당시 기준시가 3억 원 이하)을 취득하여 3년 이상 보유하는 경우로서 해당 농어촌주택 취득 전에 보유하던 다른 주택을 2023년 1월 1일 이후 양도하는 경우에는 그 농어촌주택을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조제3호를 적용하는 것입니다.

「조세특례제한법」 부칙 제19199호(2022. 12. 31.) 제39조

이 법 시행 전에 양도한 주택의 양도소득세 과세특례 요건에 관하여는 제99조의4제1항제1호 및 제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

취득 당시에 가액 기준을 넘었더라도, 양도 시점의 법률이 정한 기준 안에 들어오면 특례가 적용됩니다.

일반주택을 양도하는 날까지 농어촌주택을 증축하거나 부수토지를 추가로 취득하였다면 그 증가된 면적과 가액을 포함하여 계산합니다(같은 영 제99조의4 제11항). 현행 조문에는 대지면적 요건이 없습니다. 다만 취득기간을 2020년 12월 31일까지로 정하고 있던 구 조문에는 "대지면적이 660제곱미터 이내일 것"이라는 요건이 함께 있었고, 그 조문은 조심 2022서7051 결정문의 관련 법령란에 기재되어 있습니다.

7. 3년 이상 보유 요건과 사후관리

「조세특례제한법」 제99조의4 제4항 및 제6항

④ 1세대가 제1항에 따른 농어촌주택등의 3년 이상 보유 요건을 충족하기 전에 일반주택을 양도하는 경우에도 제1항을 적용한다. ⑥ 제4항에 따른 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택등을 3년 이상 보유하지 아니하게 된 경우에는 과세특례를 적용받은 자가 과세특례를 적용받지 아니하였을 경우 납부하였을 세액에 상당하는 세액으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 그 보유하지 아니하게 된 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

납부할 세액은 일반주택을 양도한 시점에서 그 일반주택에 대하여 「소득세법」 제104조에 따라 계산한 세액입니다(같은 영 제99조의4 제8항). 단서의 부득이한 사유는 수용(협의매수 포함), 사망으로 인한 상속, 멸실입니다(같은 영 제99조의4 제9항).

증축이나 부수토지 추가 취득이 있으면 보유기간은 당초 농어촌주택등의 취득일부터 기산하고, 소실ㆍ붕괴ㆍ노후로 멸실되어 재건축한 주택이면 멸실된 주택과 재건축한 주택의 기간을 통산합니다(같은 영 제99조의4 제12항, 제13항).

8. 일반주택과의 연접 배제

연접을 이유로 특례가 배제되는 범위는 2026년 1월 1일부터 넓어졌습니다.

「조세특례제한법」 제99조의4 제3항 (2025. 12. 23. 법률 제21223호로 개정된 것)

1세대가 취득한 농어촌주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 읍ㆍ면ㆍ동 또는 연접한 읍ㆍ면ㆍ동에 있는 경우나 1세대가 취득한 고향주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 시 또는 연접한 시에 있는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

개정 전 조문은 "같은 읍ㆍ면 또는 연접한 읍ㆍ면"이었습니다. 일반주택이 동에 있고 농어촌주택이 그와 연접한 읍이나 면에 있는 경우, 국세청 예규는 이 배제 규정에 해당하지 아니한다고 보고 있습니다.

서면-2024-법규재산-2096 (법규과-499, 2025. 03. 14., 국세청)

질의 사안은 2017년 9월 취득한 충남 천안시 불당동 소재 일반주택과 2021년 9월 취득한 충남 아산시 배방읍 소재 농어촌주택이었고, 두 지역은 서로 연접합니다.

일반주택은 시의 동지역에 소재하고 농어촌주택은 연접한 읍지역에 소재하는 경우에는「조세특례제한법」제99조의4 제3항의 규정에 따른 "연접한 읍ㆍ면에 있는 경우"에 해당하지 않는 것입니다.

사전-2024-법규재산-0852 (법규과-2962, 2024. 11. 27., 국세청)

질의 사안은 부산광역시 북구 화명동 소재 일반주택과 경상남도 양산시 원동면 소재 농어촌주택이었습니다.

「조세특례제한법」제99조의4 제1항 제1호에 따른 농어촌주택 해당 여부를 판정할 때 부산광역시 북구 화명동과 경남 양산시 원동면은 같은 조 제3항에 따른 "연접한 읍ㆍ면에 있는 경우"에 해당하지 않는 것이며, 1세대가 2003년 8월 1일부터 2025년 12월 31일까지「조세특례제한법」제99조의4에 따른 농어촌주택 1채를 취득하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택을 취득하기 전에 보유하던 다른 주택을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아「소득세법」제89조제1항제3호를 적용하는 것입니다.

「조세특례제한법」 부칙 제21223호(2025. 12. 23.) 제42조

이 법 시행 전에 농어촌주택을 취득한 경우의 양도소득세 과세특례에 관하여는 제99조의4제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

연접 판정에 동이 포함되는 것은 2026년 1월 1일 이후에 취득한 농어촌주택부터입니다. 지역 요건을 정한 제1항 제1호 가목의 개정은 양도일을 기준으로 적용됩니다. 연접 배제를 정한 제3항의 개정은 취득일을 기준으로 적용됩니다.

9. 다른 특례와의 중첩

농어촌주택을 소유주택에서 제외한 뒤 남는 주택으로 일시적 2주택 특례를 판단합니다.

서면-2024-부동산-1967 (부동산납세과-2158, 2025. 12. 17., 국세청)

1세대가 A주택(종전주택), B주택(「조세특례제한법」제99조의4에 따른 농어촌주택), C주택(신규주택)을 순차적으로 취득하여 3주택이 된 상태에서 A주택을 양도하는 경우 해당 1세대가 3년 이상 보유한 B주택은 「조세특례제한법」제99조의4제1항에 따라 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보는 것입니다.

서면-2021-부동산-6220 (부동산납세과-2669, 2022. 09. 14., 국세청)

종전주택을 취득하고 1년이 지난 후 비조정대상지역에 소재한 신규주택을 취득하여 일시적2주택을 보유한 1세대가 「조세특례제한법」제99조의4에 따른 농어촌주택을 취득한 경우로서 일시적2주택 중 종전주택을 신규주택 취득일부터 3년 이내에 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아「소득세법」제89조제1항제3호를 적용하는 것입니다.

같은 취지의 예규로 사전-2021-법령해석재산-0072(2021. 02. 23.)와 부동산납세과-2367(2015. 02. 02.)이 있습니다. 이 경우에도 양도하는 종전주택은 농어촌주택보다 먼저 취득한 것이어야 합니다.

10. 과세특례신청

「조세특례제한법 시행령」 제99조의4 제10항

법 제99조의4에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 재정경제부령으로 정하는 과세특례신고서를 「소득세법」 제105조 또는 같은 법 제110조에 따른 양도소득세과세표준신고기한 내에 제출하여야 한다.

관할 세무서장은 일반주택과 농어촌주택등의 토지대장 및 건축물대장을 행정정보 공동이용으로 확인합니다(같은 항 각 호).

양도소득세는 납세자의 신고로 확정되는 세목입니다. 조심 2022서7051 사안에서 처분청은 양도소득세 예정신고 안내문을 발송하였고, 심판원은 개별 납세자에 대한 신고안내가 세법상 법정의무사항이 아니라 납세자의 편의를 위한 행정서비스라고 판단하였습니다.

농어촌주택과 도시의 주택 가운데 어느 것의 잔금을 먼저 청산하였는지, 농어촌주택의 취득 당시 소재지가 읍ㆍ면인지 아니면 별표 12의 시에 속한 동인지, 취득 당시 주택과 부수토지의 기준시가 합계액이 얼마였는지를 확인해 보시기를 권해 드립니다. 분양권으로 취득한 주택이 있다면 계약일이 아니라 잔금을 청산한 날을 적어 보시기 바랍니다.

2026년 1월 1일 이후에 농어촌주택을 취득할 계획이라면 일반주택이 있는 동과 연접한 읍ㆍ면ㆍ동인지를 함께 보아야 합니다. 농어촌주택등취득기간은 2028년 12월 31일까지입니다.