재개발·재건축 신축주택의 보유기간과 거주기간 통산
재개발·재건축으로 받은 신축주택을 양도하는 경우, 1세대1주택 비과세의 보유기간 2년과 거주기간 2년(「소득세법 시행령」 제154조 제1항)을 신축주택의 사용승인일부터 계산하는지, 철거된 종전주택의 기간과 합산하는지는 그 주택을 언제, 어떤 지위로 취득하였는지에 따라 다릅니다.
핵심 정리
① 관리처분계획인가 전부터 종전주택을 소유한 조합원의 신축주택은 종전주택의 보유기간, 공사기간, 신축주택의 보유기간을 합산하여 보유기간을 계산하고, 거주기간은 그 보유기간 중 거주한 기간으로 계산합니다.
② 관리처분계획인가 후 조합원입주권을 승계취득한 조합원의 신축주택은 사용승인일 등 신축주택의 취득일부터 보유기간을 계산하고 멸실 전 거주기간은 통산하지 않으며, 상속받은 조합원입주권으로 취득한 신축주택도 세율을 정하는 보유기간은 사용승인일부터 계산하였습니다.
③ 소실·노후 등으로 멸실되어 재건축한 주택은 멸실 전후의 기간을 통산하지만, 「건축법」에 따라 재건축하면서 종전주택을 공동사업 조합에 현물출자한 주택은 통산되지 않았습니다.
④ 조합원입주권을 승계취득하거나 별도세대인 피상속인으로부터 상속받아 취득한 신축주택은 신축주택의 취득일 당시 조정대상지역에 있었는지에 따라 2년 거주요건의 적용 여부를 판단합니다. 2017. 08. 02. 이전에 취득한 주택에는 부칙의 경과규정이 적용됩니다.
1. 원조합원 신축주택의 보유기간
정비사업조합의 조합원이 재개발·재건축으로 취득한 신축주택은 종전주택의 보유기간, 공사기간, 신축주택의 보유기간을 합산하여 1세대1주택 비과세의 보유기간을 계산한다는 것이 국세청 예규입니다.
1세대1주택 비과세는 양도일 현재 국내에 1주택을 보유한 1세대가 그 주택을 2년 이상 보유한 경우에 적용됩니다(「소득세법 시행령」 제154조 제1항).
보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 계산합니다(「소득세법 시행령」 제154조 제5항, 「소득세법」 제95조 제4항).
이 합산은 관리처분계획인가(소규모재건축사업 등은 사업시행계획인가) 전부터 종전주택을 소유한 조합원(원조합원)에 관한 것이며, 인가 후 조합원입주권을 승계취득한 조합원은 2.와 같이 신축주택의 취득일부터 보유기간을 계산합니다(「소득세법」 제88조 제9호, 서면-2019-부동산-4508, 2022. 12. 06.).
서울 노원구의 1주택에 거주하던 세대가 뉴타운 주택재개발사업으로 신축주택을 배정받는 사안에서, 국세청은 종전주택의 보유기간과 재개발 공사기간, 신축주택의 보유기간을 합산하여 비과세 보유기간을 계산한다고 보았습니다(부동산거래관리과-416, 2010. 03. 18., 재산세과-95, 2009. 09. 02. 같은 뜻).
같은 예규는 청산금을 추가로 납부하여 신축주택의 부수토지가 종전주택의 부수토지보다 증가한 경우, 그 증가한 부수토지는 신축주택의 사용검사필증 교부일(그 전에 사실상 사용하거나 사용승인을 받은 경우에는 그 날)부터 보유기간을 계산한다고 보았습니다.
부동산거래관리과-416, 2010. 03. 18.
재개발사업으로 취득한 재개발주택을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세 판정시 보유기간은 멸실된 종전주택의 보유기간과 재개발 공사기간 및 완성된 재개발주택의 보유기간을 합산하며 거주기간 계산은 그 보유기간 중 거주한 기간으로 계산하는 것입니다.
2. 조합원입주권을 승계취득하거나 상속받은 경우의 보유기간
관리처분계획인가 후 조합원입주권을 승계취득한 조합원의 신축주택은 사용승인서 교부일(그 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 날 중 빠른 날)부터 보유기간을 계산하며, 상속받은 조합원입주권으로 취득한 신축주택도 세율을 정하는 보유기간은 사용승인일부터 계산하였습니다.
관리처분계획인가로 종전주택은 조합원입주권(신축주택에 입주할 수 있는 지위)이 됩니다(「소득세법」 제88조 제9호).
인가 후 이 지위를 승계취득한 조합원이 재개발사업 완료로 취득한 신축주택의 보유기간은 그 신축주택의 취득일부터 계산합니다(서면-2019-부동산-4508, 2022. 12. 06.).
그 권리로 완성된 신축주택은 자기가 건설한 건축물로서 사용승인서 교부일 등에 취득합니다(「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제4호).
가. 조합원입주권을 승계취득한 조합원
재건축 조합원입주권을 승계취득하여 신축주택을 받은 세대에 대하여, 국세청은 신축주택의 사용승인서 교부일 등을 취득시기로 보았습니다(서면-2022-부동산-0565, 2022. 10. 14.).
기획재정부 재산세제과-333, 2008. 02. 26.
정비사업조합원의 입주자로 선정된 지위(이를 "조합원입주권"이라 함)를 승계ㆍ취득하여 재건축된 주택을 취득한 경우 (...) 건축물의 취득시기는 재건축아파트의 사용검사필증 교부일(사용검사 전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일)이 되는 것입니다.
나. 상속받은 조합원입주권
피상속인의 종전주택이 관리처분계획인가로 조합원입주권이 된 뒤 이를 상속받은 상속인들은, 신축주택의 사용승인일부터 보유기간을 계산하여 보유기간 1년 미만의 70% 세율이 적용되었습니다(조심 2023서7521, 2024. 01. 10.).

피상속인은 1991. 06. 26. 서울 강남구의 종전주택을 매매로 취득하였고, 그 주택은 2017. 09. 01. 재건축사업의 관리처분계획인가를 받았습니다.
상속인들은 2018. 11. 05. 피상속인의 사망으로 조합원입주권을 공동으로 상속받았고, 신축주택은 2021. 09. 17. 사용승인되었습니다.
상속인들은 2022. 02. 25. 신축주택을 양도하고 70% 세율로 수정신고한 뒤, 상속받은 자산은 피상속인의 취득일부터 보유기간을 계산한다(「소득세법」 제104조 제2항 제1호)며 일반세율 적용을 구하는 경정청구를 하였으나 거부되었습니다.
조세심판원은 상속인들이 상속받은 것은 종전주택이 아니라 조합원입주권이며, 조합원입주권의 보유기간을 신축주택의 보유기간에 산입할 근거가 없다고 판단하였습니다.
이 사건은 세율을 정하는 보유기간(「소득세법」 제104조 제2항)에 관한 것입니다.
조심 2023서7521, 2024. 01. 10.
청구인들이 2018.11.5. 피상속인으로부터 상속취득한 것은 종전주택이 아닌 조합원입주권인 점, (...) 이와 같은 경우 조합원입주권을 신축주택으로 의제하거나 조합원입주권의 보유기간을 신축주택의 보유기간에 산입할 법적 근거가 존재하지 않는 점
3. 종전주택과 신축주택의 거주기간
원조합원의 거주기간은 보유기간 중 종전주택과 신축주택에 거주한 기간으로 계산하고, 조합원입주권을 승계취득한 조합원의 신축주택은 취득일(준공인가증 교부일)부터 보유기간을 계산하며 멸실 전 거주기간은 통산하지 않는다는 것이 국세청 예규입니다.
거주기간은 주민등록표 등본에 따른 전입일부터 전출일까지의 기간입니다(「소득세법 시행령」 제154조 제6항).
원조합원의 거주기간은 종전주택의 취득일부터 시작하는 보유기간 중 종전주택과 신축주택에 거주한 기간입니다(부동산거래관리과-416, 2010. 03. 18.).
관리처분계획인가 후 조합원입주권을 승계취득하고 철거 전까지 종전주택에 거주한 세대에 대하여, 국세청은 신축주택의 보유기간을 준공인가증 교부일부터 계산하고 멸실 전 거주기간은 통산하지 않는다고 보았습니다(서면-2019-부동산-4508, 2022. 12. 06.).

경기 성남시 중원구의 A주택은 2016. 11. 재개발사업의 관리처분계획인가를 받았고, 이 세대는 2016. 12. 그 조합원입주권을 승계취득하여 A주택에 거주하였습니다.
A주택은 2018. 10. 철거가 시작되어 세대가 퇴거하였고, 신축주택은 2022. 11. 23. 준공인가증이 교부되었습니다.
서면-2019-부동산-4508, 2022. 12. 06.(요지)
조합원입주권을 승계취득하여 재개발 사업시행완료로 취득한 주택을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세 적용 시 보유기간은 해당 주택의 취득일(준공인가증 교부일)부터 계산하는 것으로 멸실 전 거주기간을 통산하지 아니함
4. 소실·노후로 멸실되어 재건축한 주택
거주하거나 보유하는 중에 소실·무너짐·노후 등으로 멸실되어 재건축한 주택은 멸실된 주택과 재건축한 주택의 거주기간과 보유기간을 통산하지만, 「건축법」에 따라 재건축하면서 종전주택을 공동사업 조합에 현물출자한 주택은 통산되지 않았습니다.
「소득세법 시행령」 제154조 제8항 제1호
거주하거나 보유하는 중에 소실·무너짐·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간
다세대주택(9세대)의 소유자들이 공동사업 조합에 주택을 현물출자하고 건축법에 따라 재건축한 신축주택을 양도한 납세자는, 종전주택의 거주기간을 통산하지 못해 비과세 특례가 배제되었습니다(조심 2020서2715, 2021. 03. 02.).
이 납세자는 1999. 10. 06. 취득한 다세대주택 103호에 2년 이상 거주하였고, 소유자 10명은 2004. 05. 25. 동업계약을 맺어 각자의 주택을 조합에 출자하였습니다.
신축주택은 2006. 05. 12. 사용승인되었고, 납세자는 배정받은 302호에 거주하지 않은 채 2019. 04. 17. 양도하였습니다.
납세자는 대체주택과 장기임대주택을 함께 보유하고 있어 1세대1주택 특례(「소득세법 시행령」 제155조 제1항, 제20항)를 적용받으려면 양도주택에서 2년 이상 거주하여야 하였습니다.
조세심판원은 조합에 대한 현물출자가 양도에 해당하므로, 멸실 전후 주택의 동일성과 계속성을 전제로 하는 제154조 제8항 제1호를 적용할 수 없다고 판단하였습니다.
조심 2020서2715, 2021. 03. 02.
쟁점외조합에 현물출자한 것은 (...) 양도에 해당되고, 그렇게 보는 이상 멸실주택과 재건축주택 간의 동일성ㆍ계속성을 전제로 그 거주기간 등을 통산하는 같은 법 시행령 제154조 제8항 제1호를 적용할 수는 없다
5. 2년 거주요건의 적용 여부
조합원입주권을 승계취득하거나 별도세대인 피상속인으로부터 상속받아 취득한 신축주택은 신축주택의 취득일(사용승인일 등) 당시 조정대상지역에 있었는지에 따라 2년 거주요건의 적용 여부를 판단한다는 것이 국세청 예규입니다.
취득 당시 조정대상지역에 있는 주택은 보유기간 2년에 더하여 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 비과세가 적용됩니다.
다만, 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류로 확인되고 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 않은 세대는 거주기간의 제한을 받지 않습니다(「소득세법 시행령」 제154조 제1항 제5호).
「소득세법 시행령」 제154조 제1항
[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(...) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]
가. 취득 당시 조정대상지역에서 해제된 신축주택
조정대상지역 해제 후 재건축 조합원입주권을 승계취득하고 신축주택의 준공인가일에도 조정대상지역이 아니었던 세대는, 그 뒤 다시 조정대상지역으로 지정되었어도 2년 거주요건이 적용되지 않았습니다(서면-2022-부동산-0565, 2022. 10. 14.).

A주택은 2017. 10. 재건축사업의 관리처분계획인가가 고시되었고, 그 소재지는 2017. 11. 10. 조정대상지역으로 지정되었다가 2019. 11. 08. 해제되었습니다.
이 세대는 2019. 11. 27. 잔금을 청산하여 조합원입주권을 승계취득하였고, A주택은 2020. 08. 06. 준공인가를 받았습니다.
A주택의 소재지는 2020. 11. 20. 다시 조정대상지역으로 지정되었습니다.
국세청은 신축주택의 취득시기를 사용승인서 교부일 등으로 보고, 취득 당시 조정대상지역이 아닌 주택에는 거주요건을 적용하지 않는다고 보았습니다.
나. 취득 당시 조정대상지역에 있던 신축주택
2016. 05. 조합원입주권을 상속받고 2020. 01. 서울에서 신축주택을 취득한 세대는, 신축주택의 취득 당시 조정대상지역이었으므로 2년 거주요건이 적용되었습니다(서면-2021-법규재산-4803, 2022. 06. 24.).
이 세대의 배우자는 2016. 05. 별도세대인 피상속인으로부터 서울 소재 재개발 조합원입주권을 상속받았고, 그 신축주택은 2020. 01. 완공되었습니다.
세대는 신축주택에 거주한 적이 없었고, 신축주택은 취득 당시 조정대상지역에 있었습니다.
서면-2021-법규재산-4803, 2022. 06. 24.
1세대가 '17.8.2. 이전에 별도세대원으로부터 상속받은 조합원입주권에 기해 '17.8.3. 이후 취득한 신축주택(취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역에 소재함)을 양도하는 경우에는 「소득세법 시행령」제154조제1항에 따른 거주기간의 제한을 받는 것이며
취득 당시 조정대상지역에 있는 주택에 2년 거주요건을 둔 「소득세법 시행령」 제154조 제1항은 2017. 09. 19. 대통령령 제28293호로 개정되었습니다.
이 개정규정은 시행 이후 양도하는 분부터 적용하되, 2017. 08. 02. 이전에 취득한 주택과 그날 이전에 무주택 세대가 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 주택에는 종전 규정이 적용됩니다(「소득세법 시행령」 부칙(대통령령 제28293호, 2017. 09. 19.) 제2조 제2항).
관리처분계획인가(2014. 05. 30.) 후인 2014. 06. 05. 매입한 노후주택이 재건축되어 2017. 08. 03. 이후 준공될 예정인 사안에서, 기획재정부는 2017. 08. 02. 이전에 취득한 조정대상지역 주택을 재건축한 것으로 보아 거주요건을 적용하지 않는다고 회신했습니다(기획재정부 재산세제과-856, 2018. 10. 10.).
서면-2021-법규재산-4803은 2017. 08. 02. 이전에 상속받은 조합원입주권으로 2017. 08. 03. 이후 취득한 신축주택에 관한 예규입니다.
부동산거래관리과-416은 1세대1주택 보유기간 요건이 3년(서울 등은 거주기간 2년 추가)이던 2010년의 조문에 관한 예규입니다.
원조합원의 신축주택을 양도하기 전에는 종전주택의 취득일(잔금청산일, 잔금 전에 등기하였다면 등기접수일)과 관리처분계획인가 고시일을 먼저 대조하시기 바랍니다.
종전주택과 신축주택의 거주기간은 주민등록표 등본의 전입일과 전출일로 합산하시기 바랍니다.
청산금을 납부한 경우에는 관리처분계획서에서 신축주택의 대지지분이 종전주택보다 증가하였는지 확인하시기 바랍니다.
조합원입주권을 승계취득하거나 상속받아 취득한 신축주택은 사용승인일(임시사용승인일)과 그날 현재 소재지가 조정대상지역이었는지를 함께 확인하시기 바랍니다.